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Généralités sur les bactéries
et les antibiotiques
1
1.1. Définition de concepts de base
• Antibiotiques : molécules capables
d’inhiber ou de détruire certaines
espèces bactériennes. Ils sont
produits par des champignons ou des
bactéries et par synthèse ou
hémisynthèse
1928 : Alexander Fleming révèle les antibiotiques au monde
2
1.1. Définition de concepts de base
• Bactérie : une bactérie est un être unicellulaire
(procaryote) de petite taille(1 à 10 µm), de
morphologie variable qui présente des
caractéristiques propres.
3
1.1. Définition de concepts de base
• Bactéries opportunistes :
oelles ne donnent habituellement pas de maladie
chez les sujets sains.
o Mais, peuvent devenir pathogènes chez les
sujets aux défenses immunitaires altérées
oCes bactéries sont souvent des bactéries
commensales qui vivent à la surface de la peau
et des muqueuses de l’homme
4
1.1. Définition de concepts de base
• Bactéries pathogènes :
o responsables d'une maladie même chez le
sujet " sain " (fièvre typhoïde, choléra, TB,
méningite...).
o Les bactéries pathogènes peuvent
(pneumocoque, Haemophilus,
méningocoque..) ou non (M. tuberculosis ,
Salmonella, Shigella, V. cholerae..) appartenir
à la flore humaine commensale
5
1.1. Définition de concepts de base
• Infection :
orésultat de l’agression d’un organisme par une bactérie, un virus, un parasite ou
un champignon.
opeut être d’origine exogène (acquise à partir de l’entourage ou de
l’environnement), ou endogène (provenant du microbe de l’hôte).
• Spectre antibactérien :
ol’ensemble des bactéries sur lesquelles l’antibiotique est actif.
oparamètre permettant de choisir un antibiotique pour un traitement probabiliste
6
1.3. Écologie bactérienne au Burkina Faso
7
1.3.1. Écologie bactérienne des infections respiratoires
• Infections respiratoires non TB: 2ème motif
de consultation et 2ème cause de décès dans
les formations sanitaires de base au BFA.
• Responsables de 34 199 cas
d’hospitalisation et 1217 décès au niveau
hospitalier en 2016.
8
1.3.1. Écologie bactérienne des infections respiratoires
• Bactéries fréquemment retrouvées :
K. pneumoniae, S. pneumoniae,
Staphylococcus aureus*.
• Au BFA (1960-2015): Resistance: K.
pneumoniae , 52,6% à Amoxi-Clav; 40,1% à la
ceftriaxone ; 55,4% au Cotri et 30,2% à la
ciprofloxacine**
*Annuaire statistique de la santé, 2016
** Rapport de surveillance épidémiologique 2017)
9
1.3.2.Écologie bactérienne des méningites
• BFA appartient à la ceinture africaine de la
méningite caractérisée par une endémicité et des
pics épidémiques saisonniers.
• Taux de létalité 7,8% en 20151 ;
• Surveillance épidémiologie (2017) : S. pneumoniae
(63,3%), N.meningitidis W (17,1%), X (10,5%), C
(2,8%), Y (1%), H. influenzae (5,8%)2.
• Vaccin MenAfrivrac a réduit la circulation du N.
meningitidis sérogroupe A mais avec une
émergence des sérogroupes W et X
1Annuaire statistique de la santé 2016
2Rapport de surveillance épidémiologique 2017
10
1.3.3. Écologie bactérienne des diarrhées
• Etiologie des diarrhées chez les enfants(< 5 ans) virale
et bactérienne (E.coli ECEP, enteropathogène, S.
enterica, Salmonella spp, Shigella spp, campilobacter).
• Des résistances dans les souches isolées des diarrhées
à Ouagadougou:
o Shigella: cotri (81%) et streptomycine(83%)*.
o E. Coli : Amoxi-Clav (77,4%), Amoxi (77,4%),
pipéracilline (64,5%), ceftri (41,9%), nétilmicine
(12,9%), Ac. nalidixique (19,4%) et imipénème
(16,1%)**
*Boukoungou et al, 2013
**Ali Konate et al, 2017 11
1.3.4. Écologie bactérienne des infections urinaires
• Étiologie des ITU: E.coli, K.pneumoniae, S. aureus,
Streptococcus du groupe D, Acinetobacter sp, E. cloacae.
• Profil de résistance des entérobactéries dans les ITU au
BFA*:
oE. coli: Amoxi (71,01%); Amoxi-Clav (25%); Cipro
(10,86%); Cotri (74,35%)
oK. pneumoniae: Amoxi (76,29%); Amoxi-clav (19,9%);
Cotri (36,6)
oSt. aureus: Amoxi (22,27%) ; cefotaxime (15,17%) et
cefazoline (11,85%)
oStreptococus du groupe D: cefazoline (20,83%) et au
cefotaxime (14,58%)
*Simplice karou et al. , 2009
12
1.4. Eléments d’interprétation de l’antibiogramme
Lecture interprétative de l’Antibiogramme fondée:
• Lecture des CMI ;
• Diamètres d’inhibition ;
• Cohérence d’identification (résistance naturelle) ;
• Connaissance des mécanismes de résistance
acquise ;
• Tests complémentaires éventuels ;
• Déduction du mécanisme de résistance probable
13
1.4. Eléments d’interprétation
de l’antibiogramme
• Lecture interprétative de l’antibiogramme:
o Peut permettre à transformer un résultat
initialement catégorisé « S » en « I » ou « R » en
raison d’un risque d’échec thérapeutique.
o Pour quelques couples bactérie-antibiotique:
malgré́ une catégorisation « S», le risque accru
de sélection in vivo de mutants résistants
justifie un commentaire particulier destiné au
clinicien
14
1.4.1.Définition des catégories cliniques
3 catégories cliniques retenues pour l’interprétation
des tests de sensibilité in vitro:
• Souches sensibles: souches pour lesquelles la
probabilité de succès thérapeutique est forte
dans le cas d’un traitement par voie générale ou
orale
• Souches résistantes : les souches pour lesquelles
il existe une forte probabilité d’échec
thérapeutique quel que soit le type de traitement
et la dose d’antibiotique utilisée
15
1.4.1.Définition des catégories cliniques
• Catégorie intermédiaire :
osouches pour lesquelles la CMI mesurée (ou le diamètre) > à la concentration
critique basse et < ou = à la concentration critique haute (raisonnement
identique pour les diamètres vis-à-vis des diamètres critiques correspondants).
oprobabilité de succès thérapeutique forte uniquement dans le cas d’un
traitement par voie systémique avec une posologie forte, ou lorsque
l’antibiotique se concentre au site de l’infection
16
1.4.1.Définition des catégories cliniques
Critères de catégorisation selon les valeurs critiques
CMI (mg/L) Diamètre (∅) (mm)
S CMI ≤ c ∅ ≥ D
R CMI > C ∅ < d
I c < CMI ≤ C d ≤ ∅ < D
Tableau : critères de catégorisation selon les valeurs critiques
17
1.4.2.CMI et dose d’antibiotique à administrer
• Activité concentration dépendante :
o activité de l’antibiotique optimale lorsque sa
concentration est élevée, même si cette
concentration n’est présente que transitoirement
sur 24 heures.
oadministration de ces antibiotiques à faire de
façon à obtenir des Cmax élevées en 1 ou 2 fois
par jour selon la ½ vie (exple : moxifloxacine,
aminosides).
18
1.4.2.CMI et dose d’antibiotique à administrer
• Activité temps dépendant :
oactivité de l’antibiotique liée au temps passé avec
une concentration supérieure à la CMI de la
bactérie (T>CMI)
oUne concentration suffisante doit être maintenue
le plus longtemps possible, donc administration de
plusieurs doses quotidiennes (exple : pénicillines,
céphalosporines, glycopeptides).
19
ORGANISATION DE LA LUTTE CONTRE LA RAM AU BFA
20
2019-2020:Mise en place du STOH
• 2019: Décret n° 2019-1 086RES/PM/MRAH/MINEFID/MESRSI/
MS IMAAH/MEEVCC du 7 novembre 2019 portant création,
attributions, organisation et fonctionnement de la Plateforme
nationale de coordination One Health
• 2020: Arrêté interministériel n°2020-210 MS/MINEFID/MESRSI/
MAAH/MRAH/MEEVCC portant attributions, organisation,
composition et fonctionnement du Comité Technique de Pilotage,
des Commissions Thématiques, du Secrétariat Technique et des
Points Focaux One Health:
Mise en place de 7 Commissions dont la Commission N°2 traite
du domaine technique «Résistance aux antimicrobiens
• 2020: Mise en place de la plateforme électronique One Health
21
Fig. plateforme électronique
One Health
Les 7 commissions thématiques
• Commission N°1 chargée de la coordination/gouvernance
• Commission N°2 traite du domaine technique «Résistance aux antimicrobiens »
• Commission N°3 traite du domaine technique« Sécurité sanitaire des aliments»
• Commission N°4 traite des domaines techniques suivants: « Événements
d'origine chimique », « Situations d'urgence radiologique»
22
Les 7 commissions thématiques
• Commission N°5 traite des domaines techniques suivants : « Surveillance» ;
« Notification », « Préparation» , « Vaccination», « Interventions d'urgence »,
« Moyens médicaux et déploiement de personnel »
• La Commission N°6 traite du domaine technique « Zoonoses» ;
• La Commission N°7 traite des domaines techniques suivants « Système national
de laboratoire», « Biosécurité et bio sureté́».
23
Les comités techniques de la commission N°2 RAM
• Le comité technique «laboratoire et surveillance»
• Le comité technique « surveillance de la consommation des antimicrobiens et usage
rationnel »
• Le comité technique « vigilance et qualité des antimicrobiens »
• Le comité technique « réglementation »
• Le comité technique « communication et sensibilisation »
• Le comité technique « prévention et contrôle des infections associées aux soins et
sécurité des patients »
24
2018:Désignation d’un LNR RAM:
Labo bactériologie-virologie/CHUSS
Mission:
Organiser, coordonner et suivre les activités du réseau national des laboratoire dans le
domaine de la lutte contre la RAM
25
Organisation de la surveillance au
Laboratoire
Type de surveillance: passive basée sur le traitement des échantillons cliniques de
routine à partir de 19 sites sentinelles
Une surveillance active pourrait être envisagée en cas de besoin.
Choix des sites sentinelles:
- Capacités en ressources humaines existantes
- Capacités en moyens matériels
- Existence de procédures standardisées
- Répartition géographique des laboratoires afin de couvrir l’ensemble du pays.
26
Organisation de la surveillance au Laboratoire
1.CHUR Ouahigouya
2.CHR Tenkodogo
3.LNSP
4.Hôpital Protestant Schiphra
5.CHR Gaoua
6.CHU Sourô SANOU
7.Centre Muraz
8.CHR Banfora
9.CHR de Dedoudou
10.CHR de Koudougou
11. Centre de recherche en santé de NOUNA
12. Laboratoire National d’élevage (LNE)
13. Laboratoire de la Polyclinique Notre Dame
de la Paix
14. CHU-Bogodogo
15. CHUP-Charles de Gaulle
16. CHU- Tengadogo
17. CHR de Kaya
18. Clinique SANDOF
19.CHU Yalgado OUEDRAOGO
27

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1. Généralités ATB et Bactéries Final.pptx

  • 1. Généralités sur les bactéries et les antibiotiques 1
  • 2. 1.1. Définition de concepts de base • Antibiotiques : molécules capables d’inhiber ou de détruire certaines espèces bactériennes. Ils sont produits par des champignons ou des bactéries et par synthèse ou hémisynthèse 1928 : Alexander Fleming révèle les antibiotiques au monde 2
  • 3. 1.1. Définition de concepts de base • Bactérie : une bactérie est un être unicellulaire (procaryote) de petite taille(1 à 10 µm), de morphologie variable qui présente des caractéristiques propres. 3
  • 4. 1.1. Définition de concepts de base • Bactéries opportunistes : oelles ne donnent habituellement pas de maladie chez les sujets sains. o Mais, peuvent devenir pathogènes chez les sujets aux défenses immunitaires altérées oCes bactéries sont souvent des bactéries commensales qui vivent à la surface de la peau et des muqueuses de l’homme 4
  • 5. 1.1. Définition de concepts de base • Bactéries pathogènes : o responsables d'une maladie même chez le sujet " sain " (fièvre typhoïde, choléra, TB, méningite...). o Les bactéries pathogènes peuvent (pneumocoque, Haemophilus, méningocoque..) ou non (M. tuberculosis , Salmonella, Shigella, V. cholerae..) appartenir à la flore humaine commensale 5
  • 6. 1.1. Définition de concepts de base • Infection : orésultat de l’agression d’un organisme par une bactérie, un virus, un parasite ou un champignon. opeut être d’origine exogène (acquise à partir de l’entourage ou de l’environnement), ou endogène (provenant du microbe de l’hôte). • Spectre antibactérien : ol’ensemble des bactéries sur lesquelles l’antibiotique est actif. oparamètre permettant de choisir un antibiotique pour un traitement probabiliste 6
  • 7. 1.3. Écologie bactérienne au Burkina Faso 7
  • 8. 1.3.1. Écologie bactérienne des infections respiratoires • Infections respiratoires non TB: 2ème motif de consultation et 2ème cause de décès dans les formations sanitaires de base au BFA. • Responsables de 34 199 cas d’hospitalisation et 1217 décès au niveau hospitalier en 2016. 8
  • 9. 1.3.1. Écologie bactérienne des infections respiratoires • Bactéries fréquemment retrouvées : K. pneumoniae, S. pneumoniae, Staphylococcus aureus*. • Au BFA (1960-2015): Resistance: K. pneumoniae , 52,6% à Amoxi-Clav; 40,1% à la ceftriaxone ; 55,4% au Cotri et 30,2% à la ciprofloxacine** *Annuaire statistique de la santé, 2016 ** Rapport de surveillance épidémiologique 2017) 9
  • 10. 1.3.2.Écologie bactérienne des méningites • BFA appartient à la ceinture africaine de la méningite caractérisée par une endémicité et des pics épidémiques saisonniers. • Taux de létalité 7,8% en 20151 ; • Surveillance épidémiologie (2017) : S. pneumoniae (63,3%), N.meningitidis W (17,1%), X (10,5%), C (2,8%), Y (1%), H. influenzae (5,8%)2. • Vaccin MenAfrivrac a réduit la circulation du N. meningitidis sérogroupe A mais avec une émergence des sérogroupes W et X 1Annuaire statistique de la santé 2016 2Rapport de surveillance épidémiologique 2017 10
  • 11. 1.3.3. Écologie bactérienne des diarrhées • Etiologie des diarrhées chez les enfants(< 5 ans) virale et bactérienne (E.coli ECEP, enteropathogène, S. enterica, Salmonella spp, Shigella spp, campilobacter). • Des résistances dans les souches isolées des diarrhées à Ouagadougou: o Shigella: cotri (81%) et streptomycine(83%)*. o E. Coli : Amoxi-Clav (77,4%), Amoxi (77,4%), pipéracilline (64,5%), ceftri (41,9%), nétilmicine (12,9%), Ac. nalidixique (19,4%) et imipénème (16,1%)** *Boukoungou et al, 2013 **Ali Konate et al, 2017 11
  • 12. 1.3.4. Écologie bactérienne des infections urinaires • Étiologie des ITU: E.coli, K.pneumoniae, S. aureus, Streptococcus du groupe D, Acinetobacter sp, E. cloacae. • Profil de résistance des entérobactéries dans les ITU au BFA*: oE. coli: Amoxi (71,01%); Amoxi-Clav (25%); Cipro (10,86%); Cotri (74,35%) oK. pneumoniae: Amoxi (76,29%); Amoxi-clav (19,9%); Cotri (36,6) oSt. aureus: Amoxi (22,27%) ; cefotaxime (15,17%) et cefazoline (11,85%) oStreptococus du groupe D: cefazoline (20,83%) et au cefotaxime (14,58%) *Simplice karou et al. , 2009 12
  • 13. 1.4. Eléments d’interprétation de l’antibiogramme Lecture interprétative de l’Antibiogramme fondée: • Lecture des CMI ; • Diamètres d’inhibition ; • Cohérence d’identification (résistance naturelle) ; • Connaissance des mécanismes de résistance acquise ; • Tests complémentaires éventuels ; • Déduction du mécanisme de résistance probable 13
  • 14. 1.4. Eléments d’interprétation de l’antibiogramme • Lecture interprétative de l’antibiogramme: o Peut permettre à transformer un résultat initialement catégorisé « S » en « I » ou « R » en raison d’un risque d’échec thérapeutique. o Pour quelques couples bactérie-antibiotique: malgré́ une catégorisation « S», le risque accru de sélection in vivo de mutants résistants justifie un commentaire particulier destiné au clinicien 14
  • 15. 1.4.1.Définition des catégories cliniques 3 catégories cliniques retenues pour l’interprétation des tests de sensibilité in vitro: • Souches sensibles: souches pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est forte dans le cas d’un traitement par voie générale ou orale • Souches résistantes : les souches pour lesquelles il existe une forte probabilité d’échec thérapeutique quel que soit le type de traitement et la dose d’antibiotique utilisée 15
  • 16. 1.4.1.Définition des catégories cliniques • Catégorie intermédiaire : osouches pour lesquelles la CMI mesurée (ou le diamètre) > à la concentration critique basse et < ou = à la concentration critique haute (raisonnement identique pour les diamètres vis-à-vis des diamètres critiques correspondants). oprobabilité de succès thérapeutique forte uniquement dans le cas d’un traitement par voie systémique avec une posologie forte, ou lorsque l’antibiotique se concentre au site de l’infection 16
  • 17. 1.4.1.Définition des catégories cliniques Critères de catégorisation selon les valeurs critiques CMI (mg/L) Diamètre (∅) (mm) S CMI ≤ c ∅ ≥ D R CMI > C ∅ < d I c < CMI ≤ C d ≤ ∅ < D Tableau : critères de catégorisation selon les valeurs critiques 17
  • 18. 1.4.2.CMI et dose d’antibiotique à administrer • Activité concentration dépendante : o activité de l’antibiotique optimale lorsque sa concentration est élevée, même si cette concentration n’est présente que transitoirement sur 24 heures. oadministration de ces antibiotiques à faire de façon à obtenir des Cmax élevées en 1 ou 2 fois par jour selon la ½ vie (exple : moxifloxacine, aminosides). 18
  • 19. 1.4.2.CMI et dose d’antibiotique à administrer • Activité temps dépendant : oactivité de l’antibiotique liée au temps passé avec une concentration supérieure à la CMI de la bactérie (T>CMI) oUne concentration suffisante doit être maintenue le plus longtemps possible, donc administration de plusieurs doses quotidiennes (exple : pénicillines, céphalosporines, glycopeptides). 19
  • 20. ORGANISATION DE LA LUTTE CONTRE LA RAM AU BFA 20
  • 21. 2019-2020:Mise en place du STOH • 2019: Décret n° 2019-1 086RES/PM/MRAH/MINEFID/MESRSI/ MS IMAAH/MEEVCC du 7 novembre 2019 portant création, attributions, organisation et fonctionnement de la Plateforme nationale de coordination One Health • 2020: Arrêté interministériel n°2020-210 MS/MINEFID/MESRSI/ MAAH/MRAH/MEEVCC portant attributions, organisation, composition et fonctionnement du Comité Technique de Pilotage, des Commissions Thématiques, du Secrétariat Technique et des Points Focaux One Health: Mise en place de 7 Commissions dont la Commission N°2 traite du domaine technique «Résistance aux antimicrobiens • 2020: Mise en place de la plateforme électronique One Health 21 Fig. plateforme électronique One Health
  • 22. Les 7 commissions thématiques • Commission N°1 chargée de la coordination/gouvernance • Commission N°2 traite du domaine technique «Résistance aux antimicrobiens » • Commission N°3 traite du domaine technique« Sécurité sanitaire des aliments» • Commission N°4 traite des domaines techniques suivants: « Événements d'origine chimique », « Situations d'urgence radiologique» 22
  • 23. Les 7 commissions thématiques • Commission N°5 traite des domaines techniques suivants : « Surveillance» ; « Notification », « Préparation» , « Vaccination», « Interventions d'urgence », « Moyens médicaux et déploiement de personnel » • La Commission N°6 traite du domaine technique « Zoonoses» ; • La Commission N°7 traite des domaines techniques suivants « Système national de laboratoire», « Biosécurité et bio sureté́». 23
  • 24. Les comités techniques de la commission N°2 RAM • Le comité technique «laboratoire et surveillance» • Le comité technique « surveillance de la consommation des antimicrobiens et usage rationnel » • Le comité technique « vigilance et qualité des antimicrobiens » • Le comité technique « réglementation » • Le comité technique « communication et sensibilisation » • Le comité technique « prévention et contrôle des infections associées aux soins et sécurité des patients » 24
  • 25. 2018:Désignation d’un LNR RAM: Labo bactériologie-virologie/CHUSS Mission: Organiser, coordonner et suivre les activités du réseau national des laboratoire dans le domaine de la lutte contre la RAM 25
  • 26. Organisation de la surveillance au Laboratoire Type de surveillance: passive basée sur le traitement des échantillons cliniques de routine à partir de 19 sites sentinelles Une surveillance active pourrait être envisagée en cas de besoin. Choix des sites sentinelles: - Capacités en ressources humaines existantes - Capacités en moyens matériels - Existence de procédures standardisées - Répartition géographique des laboratoires afin de couvrir l’ensemble du pays. 26
  • 27. Organisation de la surveillance au Laboratoire 1.CHUR Ouahigouya 2.CHR Tenkodogo 3.LNSP 4.Hôpital Protestant Schiphra 5.CHR Gaoua 6.CHU Sourô SANOU 7.Centre Muraz 8.CHR Banfora 9.CHR de Dedoudou 10.CHR de Koudougou 11. Centre de recherche en santé de NOUNA 12. Laboratoire National d’élevage (LNE) 13. Laboratoire de la Polyclinique Notre Dame de la Paix 14. CHU-Bogodogo 15. CHUP-Charles de Gaulle 16. CHU- Tengadogo 17. CHR de Kaya 18. Clinique SANDOF 19.CHU Yalgado OUEDRAOGO 27

Notes de l'éditeur

  1. La Commission N°1 est chargée de la coordination/gouvernance et comprend les domaines techniques suivants : «Législation, politique et financement nationaux», «Coordination, communication et promotion du Règlement Sanitaire International» ; «Communication sur les risques», «Points d'entrée », « Développement du personnel », « Lien entre la santé publique et les autorités chargées de la sécurité» ;
  2. La Commission N°1 est chargée de la coordination/gouvernance et comprend les domaines techniques suivants : «Législation, politique et financement nationaux», «Coordination, communication et promotion du Règlement Sanitaire International» ; «Communication sur les risques», «Points d'entrée », « Développement du personnel », « Lien entre la santé publique et les autorités chargées de la sécurité» ;