C. Danchin (idele)

1. 4è édition
Mardi 7 novembre 2017
Conférence
Grand Angle Viande
Les filières françaises s’adaptent
au monde qui bouge
En collaboration avec :

2. Conférence Grand Angle Viande
Les filières françaises s’adaptent au monde qui bouge
Mardi 7 novembre 2017
En collaboration avec :
• Coralie Danchin-Burge, Institut de l’Elevage
Caractères d’intérêt : une autre
utilisation des génotypages
2

3. Conférence Grand Angle Viande- mardi 7 novembre 2017
Tout reproducteur est porteur de mutations « inopportunes »
Estimation suite séquençage ADN humain : au moins une centaine de
mutations invalidantes par individu, dont une vingtaine qui affectent
directement la synthèse des protéines
© HBC

4. Conférence Grand Angle Viande- mardi 7 novembre 2017
La révolution des outils de la
génomique
Ou : la sélection génomique n’est pas tout…
4

5. Conférence Grand Angle Viande- mardi 7 novembre 2017
Conférence Grand Angle Viande 2017
Génération 1
Génération 2
a/A A/A
A/A a/A A/A
A/A A/Aa/Aa/a a/aa/a
. . .
Génération n
Le caractère apparait chez les animaux qui ont deux fois la
même copie à proximité de la mutation
Détection d’un caractère d’intérêt
Diapo © D. Boichard, INRA

6. Conférence Grand Angle Viande- mardi 7 novembre 2017
Conférence Grand Angle Viande 2017
• A partir des données de génotypages
« Cartographie par homozygotie » cf. diapo précédente
Mise en évidence de régions portant la mutation
« Génétique inverse »: recherche de zones du génome jamais homozygotes (=
animaux homozygotes non viables)
• A partir des données de séquences
Comparaison des séquences entre animal atteint et animaux sains
 Mutation uniquement chez l’atteint
 Située dans un gène dont la fonction fait sens
Utilisation des données de lecture de l’ADN

7. Anim Genet (2013), 45, 157-170
Plus d’une nouvelle
mutation par semaine
publiée chez les
animaux d’élevage !
SNP
Micro
satellites
Année de publication
Nombredemutationscausalespubliées

8. Les pratiques actuelles de gestion
des caractères d’intérêt
De … rien du tout à une élimination* drastique de tous les porteurs (de
monte publique), sans attendre la création de fils non porteurs
+ découvertes exponentielles de mutations
pour des caractères d’intérêt
= Changement obligatoire des habitudes

9. Au niveau racial
• Situation idéale : création d’un index de synthèse
Quand on veut sélectionner pour plusieurs caractères en même temps, l’index de synthèse est toujours la solution la plus
pertinente (+20% efficacité / sélection par seuil)
=> Quelle est la valeur économique d’une anomalie ?
Projet CLAMOR
- Quel est son coût économique ?
Facteurs : âge d’apparition, mortalité (O/N), impacts éventuels sur la
mère, coûts vétérinaires associés…
- Quelle est la fréquence du caractère ?
Calcul à partir des génotypages provenant de la sélection génomique
ou par la réalisation de sondages

10. Au niveau racial
• Situation idéale : création d’un index de synthèse
Quand on veut sélectionner pour plusieurs caractères en même temps, l’index de synthèse est toujours la solution la plus
pertinente (+20% efficacité / sélection par seuil)
=> Inclusion de la valeur économique dans un index de synthèse (à créer
/ à renouveler) ou en composante d’un index existant
Exemple:
Allèles de mortalités précoces comme veau tourneur (RDP),
axonopathie (BLA) ou ataxie (CHAR) => Index RENOUV, ISU ?
• Eradication ou introgression complète à réserver à un nombre
limité de mutations
Objectif : diminuer progressivement la fréquence
des anomalies

11. Au niveau de l’éleveur
Gestion des accouplements, en complément de la sélection par
index de synthèse
 Eviter les accouplements à risque
Rappel : si accouplement entre porteurs, risque=1/4 des
naissances
Difficulté :
=> Nécessite de connaître a minima le génotype des mâles

12. Les messages à retenir
• Tous porteurs de mutations néfastes … c’est inhérent à la vie !
• Ce qui important : gérer la fréquence des mutations
• Il faut donc mettre en place un travail collectif :
 Connaitre / regrouper les informations de statut des reproducteurs
 Evaluer le coût économique des mutations les plus fréquentes
 Evaluer la fréquence de ces mutations
 Gérer les mutations via leur intégration dans un index de synthèse
• Ces approches sont novatrices… Donc certaines ne sont pas encore
opérationnelles au niveau collectif

13. Conférence Grand Angle Viande- mardi 7 novembre 2017
Merci pour votre attention !
13
Vous avez dit mutation d’intérêt ?